Mengingat minimnya ditemukan kajian Islam Nusantara dalam ranah pemikiran murni yang berpijak pada basis epistemologi. Dengan berbagai cakupan yang meliputi pada bahasan epistemologi dalam tradisi filsafat, namun pada kesempatan ini penulis masuk pada wilayah sumber pengetahuan dan pemikiran Abdurrahman Wahid. Sebagaimana dikatakan Soyomukti, dalam kajian epistemologi, salah satu yang paling dasar untuk dikaji dan dibahas ialah apa yang menjadi sumber bagi pengetahuan atau pemikiran tersebut.42 Untuk memperoleh kajian yang komprehensif dan tidak meluas, maka penulis membatasi cakupan pada tulisan ini, yaitu memiliki dua fokus bahasan. Pertama, Bagaimana pemikiran Gus Dur tentang Islam Nusantara. Kedua, Bagaimana epistemologi Islam Nusantara perspektif Gus Dur.