Paradigma pendidikan agama Islam lebih cenderung mengorientasikan diri pada bidang humaniora dan ilmu-ilmu sosial, padahal sains (fisika, kimia, biologi dan matematika) modern dan pengembangan teknologi canggih mutlak diperlukan. Sains ini belum mendapat apresiasi dan tempat yang sepatutnya dalam sistem pendidikan Islam, artinya integrasi pendidikan Islam dalam prespektif trasnformasi menuju pendidikan Islam berkualitas memadukan sains, spiritual dengan pendidikan karakter sebagai ciri khas suatu bangsa mutlak diperlukan. Pendidikan dalam agama Islam sendiri merupakan integrasi antara kekuatan akal (rasional), empiris, dan bersumber pada wahyu yang berasal dari Al-Qur’an dan Hadits.

Esensi dari pendidikan adalah adanya proses transfer nilai, pengetahuan dan keterampilan kepada generasi muda agar mampu meraih  hidup sukses masa depan. Dalam ajaran Islam ditegaskan bahwa pendidikan hendaknya memberi penyadaran potensi fitrah keagamaan, menumbuhkan, mengelola dan membentuk wawasan, akhlak serta tingkah laku yang sesuai dengan ajaran Islam, menggerakkan dan menyadarkan manusia untuk senantiasa beramal saleh dalam rangka beribadah kepada Allah, hal ini  sebagaimana yang terungkap dalam Q.S Luqman: 1-34. Dan seiring dengan pekembangan zaman, tantangan yang dihadapi umat Islam semakin kompleks. Maka paradigma berfikir dan konsep penerapan pendidikan agama Islam harus beradaptasi dengan pekembangan zaman yang ada.